De retour en France, il commence un cursus de cours du soir sur l’image, tout d’abord mouvante puis fixe. Après quelques années passées à travailler dans le milieu de l’audio visuel, il finit par se consacrer entièrement à la photographie dont il apprécie la complexité des contraintes, mais aussi la liberté et l’autonomie.

En 1992-93, il entre à l’agence CIRIC, spécialisée dans les reportages religieux et sociaux, et entame un travail de fond, qui durera huit ans, sur les multiples formes, courants et tendances du judaïsme, en France et à l’étranger.
Ce panorama n’est pas exhaustif et Stéphane Lehr s’intéresse également au christianisme et à l’Islam, ainsi qu’à des sujets plus sociaux, comme les Sans Domiciles Fixes, les Roms et les Tziganes, la prostitution…
Pendant ces années, il travaillera beaucoup avec les groupes Bayard Presse Editions et Malesherbes Editions.

En Septembre 2000, il repart en Israël pour photographier des camps de réfugiés et se trouve en première ligne pour couvrir la seconde Intifada qui commence sous ses yeux.
C’est une autre carrière qui commence alors pour lui, qui avait toujours eu l’ambition de se consacrer à des sujets d’actualité. Il restera trois mois à Gaza pour couvrir le conflit et par la suite, mènera un travail de fond sur les camps de réfugiés en Jordanie, au Liban (Sabra et Chatila), en Cisjordanie et dans la Bande de Gaza.

Ces reportages vont le conduire à intégrer l’équipe des journalistes de Médecins du Monde avec laquelle il continue à travailler, tout en poursuivant ses activités. Il collabore également, depuis fin 2003, avec le service de communication de l’Armée du Salut.
Fin 2004, il intègre Deadline, agence d’actualité française, représentée par Polaris aux Etats-Unis.

En Jordanie, au Pakistan, en Afghanistan, en Côte d’Ivoire, en Angola, au Sri Lanka, mais aussi en France, il multiplie les voyages et les sujets de reportages : la malnutrition, le SIDA, les enfants des rues, les réfugiés, les interventions militaires françaises en Afrique, le Tsunami…

Il projette maintenant de retourner en Israël pour dresser des portraits, peindre les postures psychologiques de colons revenus de Gaza, puis pour couvrir les élections Palestiniennes de janvier.